Secara umum PNBP dikelompokkan menjadi empat kelompok besar yaitu:
1. Penerimaan Sumber Daya Alam
Penerimaan sumber daya alam, terdiri atas pendapatan sumber daya alam (SDA) migas yang diperoleh dari bagian bersih pemerintah atas kerjasama pengelolaan sektor hulu migas dan SDA non-migas yang diperoleh dari hasil pertambangan umum, kehutanan, perikanan, dan panas bumi.
2. PendapatanBagian Laba Badan Usaha Milik Negara (BUMN)
Pendapatan bagian laba Badan Usaha Milik Negara (BUMN). Pendapatan ini merupakan imbalan kepada pemerintah pusat selaku pemegang saham BUMN (return on equity) yang dihitung berdasarkan persentase tertentu terhadap laba bersih (pay-out ratio). Pendapatan ini diklasifikasikan ke dalam kelompok perbankan dan nonperbankan.
3. PNBP Lainnya
PNBP lainnya, meliputi berbagai jenis pendapatan yang dipungut oleh Kementerian Negara/Lembaga atas produk layanan yang diberikan kepada masyarakat. Pungutan dilakukan oleh instansi pemerintah atas dasar Peraturan. Pemerintah tentang Jenis dan Tarif atas Jenis PNBP pada Kementerian/Lembaga tertentu. Pendapatan Badan Layanan Umum (BLU), pendapatan BLU diperoleh atas produk layanan instansi pemerintah yang diberikan kepada masyarakat. Bedanya, pendapatan yang diperoleh melalui mekanisme BLU ini dapat langsung digunakan oleh instansi yang bersangkutan. Selain itu, jenis dan tarif PNBP BLU tidak ditetapkan melalui PP melainkan Peraturan Menteri Keuangan.
4. PNBP Fungsional
Selain PNBP Umum terdapat PNBP di kementerian/lembaga yaitu PNBP yang bersifat fungsional. PNBP yang bersifat fungsional yaitu penerimaan yang berasal dari hasil pungutan kementerian negara/lembaga atas jasa yang diberikan sehubungan dengan tugas pokok dan fungsinya dalam melaksanakan fungsi pelayanan kepada masyarakat. Penerimaan fungsional tersebut terdapat pada sebagian besar kementerian negara/lembaga, namun macam dan ragamnya berbeda antara satu kementerian negara/lembaga dengan kementerian negara/lembaga lainnya, tergantung kepada jasa pelayanan yang diberikan oleh masing-masing kementerian negara/lembaga.
